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370万美元支持群体癌症基因组学数据库


华盛顿大学医学院
Obi Griffith,Phd,(左)和玛拉基格里菲斯,博士(中锋右)是开发众包的项目...... Obi Griffith,PHD,(左)和麦拉迪格里菲斯,博士(中锋右)领导一个项目,开发众所周心的癌症突变数据库,旨在帮助医生将癌症患者与其肿瘤类型的最佳治疗方法。数据库项目已收到全国癌症研究所(NIH)国家癌症研究所的新支持370万美元。照片由Matt Miller

华盛顿大学圣路易斯大学医学院的科学家已获得370万美元的国家卫生研究院(NIH),以支持开源数据库,旨在提高个性化癌症治疗方法。该数据库旨在帮助医生匹配癌症突变 - 在患者的肿瘤中发现 - 患有此类遗传错误的药物。

在线资源由计算生物学专家启动obi l. griffith,phd,医学和遗传学副教授,以及玛拉基格里菲斯,博士是一位医学助理教授和遗传学。两者都是研究成员麦克唐纳基因组研究所和泰国癌欧宝体育代理症中心在巴恩斯犹太医院和华盛顿大学医学院。

数据库的名称是公民,这代表癌症中变异的临床解释。根据其创始人,它是唯一完全开源的在线在线资源,用于鉴定肿瘤突变的肿瘤突变 - 类似于癌症基因组学的维基百科。与维基百科对比较 - 由志愿者维护的在线百科全书 -格里菲斯谁是双胞胎兄弟,设计了一个系统,允许任何人创建帐户并将信息贡献给数据库。该领域的专家担任编辑,将数据融合到系统中。任何人都可以使用它。

“维持关于癌症遗传突变的重要性的最新和全面的信息 - 这种突变可能对患者意味着什么 - 是改善癌症护理的主要瓶颈,”Obi Griffith说。“思域是一种可以帮助缓解该瓶颈的工具。考虑到这一点,重要的是要将这些数据打开并可以对需要它的任何人提供。本研究由公共纳税人资助,应该可以访问并使公众获益。

“经常,医生有一些关于患者肿瘤的遗传信息,但并不清楚待遇意味着什么,”他补充说。“搜寻科学文学是耗时的,并且可以错过重要的数据。公民的目的是简化和自动化该过程。它可以帮助临床医生确定患者的特异性癌症的资源,预后和在某些情欧宝是什么软件况下,鉴定有可能帮助患者的药物。这个新的赠款将帮助我们继续将公民发展成更好的资源来使这种类型的个性化医学更广泛地提供。“

对癌症患者来说可能具有重要意义的遗传变异包括:帮助预测患者如何应对药物;区分不同类型的癌症,可能似乎是相同的肿瘤类型;表明癌症可能是多么侵略;并发出一个人在未来发展某种类型的癌症的可能性。

公民是几种类似的资源之一,试图培养有关治疗此类患者的医生更易获得的有关显着癌症基因组变体的信息。它是完全开放的访问权限,包括解密它的工作原理的源代码,使公民唯一。根据研究人员的说法,CIVIC有超过3,000名每月游客和80,000名独特的用户迄今为止,主要来自癌症研究机构和医院。这些用户来自163个国家,包括美国,中国,日本,德国,印度,英国和韩国。一些利用公民的顶级机构包括斯坦福大学,加州大学,旧金山,旧金山,梅奥诊所,纪念斯隆凯特林癌症中心,Genentech,M.D. Anderson和Bayles医学院。其中许多用户已经建立了他们的临床工作站,以自动从公民接收信息,以便在治疗患者时不断更新该工具。

“我们从外部客户收到数百万次点击,包括在他们自己的工具中使用公民数据的学术机构和公司,”玛拉奇格里菲斯说。“我们正试图与其他类似的基因组数据资源合作,制定解释所有这些信息的标准,并确保我们包括尽可能多的可用信息 - 包括新发现 - 没有复制太多努力。”

Griffiths也积极参与与研究人员合作进行类似工作的国际努力,并将其系统结合起来,因此所有癌症患者都可以获得此类资源,无论他们可能会接受治疗。研究人员帮助形成了癌症联盟的变体解释,这是一项有助于指导全球联盟对基因组学和健康的努力来制定数据分享标准的倡议,使医生可以在一个地方进行查询,但可以访问多个癌症维基百科习惯的数据库,包括公民,这些都被同一标准指南管理。目标是确保医生可以获得最高级别的临床决策证据的最大信息。