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370万美元支持众包的癌症基因组数据库


华盛顿大学医学院
Obi Griffith,Phd,(左)和玛拉基格里菲斯,博士(中锋右)是开发众包的项目...... 欧比·格里菲斯博士(中左)和玛拉基·格里菲斯博士(中右)正在领导一个项目,开发一个众源癌症突变数据库,旨在帮助医生为癌症患者匹配适合其肿瘤类型的最佳治疗方法。该数据库项目获得了国家卫生研究院(NIH)国家癌症研究所(National Cancer Institute of National Institutes of Health) 370万美元的新支持。摄影:Matt Miller

华盛顿大学圣路易斯大学医学院的科学家已获得370万美元的国家卫生研究院(NIH),以支持开源数据库,旨在提高个性化癌症治疗方法。该数据库旨在帮助医生匹配癌症突变 - 在患者的肿瘤中发现 - 患有此类遗传错误的药物。

在线资源由计算生物学专家启动obi l. griffith,phd他是医学和遗传学副教授玛拉基格里菲斯,博士他是医学和遗传学的助理教授。他们都是研究人员麦克唐奈基因组研究所巴恩斯犹欧宝体育代理太医院和华盛顿大学医学院的Siteman癌症中心。

数据库的名称是公民它的意思是癌症变异的临床解释。据其创始人介绍,这是查询肿瘤突变的唯一完全开源的在线资源,就像癌症基因组学的维基百科。将CIViC与维基百科(一个由志愿者维护的在线百科全书)进行比较的格里菲思他设计了一个系统,允许任何人创建一个帐户并向数据库提供信息。该领域的专家充当编辑,管理纳入系统的数据。任何人都可以免费使用。

“维持关于癌症遗传突变的重要性的最新和全面的信息 - 这种突变可能对患者意味着什么 - 是改善癌症护理的主要瓶颈,”Obi Griffith说。“思域是一种可以帮助缓解该瓶颈的工具。考虑到这一点,重要的是要将这些数据打开并可以对需要它的任何人提供。本研究由公共纳税人资助,应该可以访问并使公众获益。

他补充说:“医生通常有一些关于病人肿瘤的基因信息,但并不清楚这对治疗意味着什么。”“搜索科学文献是耗时的,重要的数据仍然可能被遗漏。CIViC的目的是简化和自动化这个过程。它是一种资源,可以帮助临床医生确定患者的癌症类型、预后,在某欧宝是什么软件些情况下,还可以确定一种有可能帮助患者的药物。这项新拨款将帮助我们继续把CIViC发展成更好的资源,使这种个性化药物更广泛地获得。”

对癌症患者来说可能很重要的基因变异包括:有助于预测患者对药物的反应;区分可能是同一肿瘤类型的不同类型的癌症;表明癌症可能的侵袭性;并显示出一个人将来患某种癌症的可能性有多大。

公民是几种类似的资源之一,试图培养有关治疗此类患者的医生更易获得的有关显着癌症基因组变体的信息。它是完全开放的访问权限,包括解密它的工作原理的源代码,使公民唯一。根据研究人员的说法,CIVIC有超过3,000名每月游客和80,000名独特的用户迄今为止,主要来自癌症研究机构和医院。这些用户来自163个国家,包括美国,中国,日本,德国,印度,英国和韩国。一些利用公民的顶级机构包括斯坦福大学,加州大学,旧金山,旧金山,梅奥诊所,纪念斯隆凯特林癌症中心,Genentech,M.D. Anderson和Bayles医学院。其中许多用户已经建立了他们的临床工作站,以自动从公民接收信息,以便在治疗患者时不断更新该工具,并可纳入医生的工作流程。

“我们从外部客户收到数百万次点击,包括在他们自己的工具中使用公民数据的学术机构和公司,”玛拉奇格里菲斯说。“我们正试图与其他类似的基因组数据资源合作,制定解释所有这些信息的标准,并确保我们包括尽可能多的可用信息 - 包括新发现 - 没有复制太多努力。”

格里菲斯夫妇还积极参与国际合作,与从事类似工作的研究人员合作,并结合他们的系统,使这些资源可以提供给所有癌症患者,无论他们可能在哪里接受治疗。研究人员帮助形成癌症的变异解释财团,一项计划,帮助指导全球基因组学与健康联盟努力开发数据共享标准,所以,医生一天可以查询在一个地方,但访问多个癌症于维基数据库,包括公民、这些都是由相同的标准指导方针管理的。其目标是确保医生能够在临床决策中获得最高层次的证据,获得最多的信息。